Cerita bermula ketika seorang gadis lugu bernama Tsukiko mendadak dituduh sebagai tersangka dalam sebuah kasus pembunuhan. Di tengah keputusasaannya, muncul Hoshi Tendou, seorang bocah laki-laki kecil yang bekerja sebagai detektif swasta. Meski fisiknya masih anak-anak, Hoshi memiliki kecerdasan luar biasa yang melampaui orang dewasa dan berhasil membersihkan nama Tsukiko dari tuduhan tersebut. Setelah kejadian itu, Tsukiko memutuskan untuk bekerja sebagai asisten di kantor detektif Hoshi.
Alur cerita manga ini berfokus pada petualangan Hoshi dan Tsukiko dalam memecahkan berbagai teka-teki serta kasus kriminal yang rumit. Selain menangani kasus harian, Hoshi juga memiliki misi pribadi, yaitu mengejar kakeknya sendiri yang menggunakan identitas misterius bernama "Trickstar". Di akhir seri, petualangan Hoshi mencapai klimaks ketika ia harus bertarung pikiran dengan seorang gadis jenius bernama Claudia di dunia maya.
